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  • [Single Cell RNA Seq 분석] Quality Control Quality Control(QC)는 왜 중요할까?Single Cell RNA Sequencing은 한 번에 많은 수의 세포를 동시에 관찰할 수 있는 방법입니다. 그러나 실험 과정에서 손상되거나 죽은 세포, 혹은 두 세포가 하나의 Droplet에 잡혀 (Doublet 이라고 보통 말합니다.) 잘못 측정되는 등 여러 이유로 인해 "믿을 수 없는" 세포 정보가 포함될 수 있습니다. 이는 분석 결과를 왜곡하거나 해석을 복잡하게 만들기 때문에, 데이터를 분석하기 전에 QC 단계를 통해 "신뢰할 수 있는 세포(barcode)' 만 선별하는 과정이 필수적입니다. 주요 QC 지표 3가지1. 세포별 카운트 수(count depth)각 세포 바코드에서 얻은 총 유전자 발현량(UMI 카운트)의 합을 뜻합니다.이상치(Out.. 공감수 1 댓글수 0 2025. 1. 19.
  • Tumor cells, Tumor Microenvironment cells 암 연구에서 자주 다뤄지는 종양 세포(Tumor Cells)와 종양 미세환경(Tumor Microenvironment, TME) 세포에 대해 알아보겠습니다. 종양 세포 (Tumor Cells)암을 유발하는 세포, 빠르게 증식하고 불규칙적인 세포 분열을 일으킵니다. 종양 세포는 종양 내에서 주된 세포 집단을 형성하며, 유전적 변이와 관련된 특정 유전자들이 발현됩니다. 높은 증식 속도를 보이고, 종양 조직에서만 발견된다는 특징이 있습니다.    대표적인 종양세포들:   상피 종양 세포 (Epithelial Tumor Cells): 대장암, 유방암, 폐암과 같은 상피 조직에서 기원한 종양 세포.   간세포암 (Hepatocellular Carcinoma Cells): 간에서 발생하는 주요 종양 세포.   신경.. 공감수 1 댓글수 0 2024. 9. 28.
  • PCR oligo 디자인은 왜 까다로울까 PCR (Polymerase Chain Reaction, 중합효소 연쇄반응)은 DNA 시퀀스를 매우 빠르고 효율적으로 복제하는 기술입니다. 이 기술은 분자생물학, 유전학, 생물학 연구, 의학, 법의학, 진단 등 다양한 분야에서 광범위하게 사용됩니다. PCR의 기본적인 동작 원리는 1. 변성(Denaturation): PCR 반응은 DNA 이중나선을 개별적인 단일 가닥으로 분리하는 고온 단계로 시작합니다. 일반적으로 94-98°C에서 수행됩니다. 2. 결합(Annealing): 온도를 낮춰 특정 DNA 시퀀스에 맞춰 설계된 짧은 DNA 조각인 프라이머가 단일 가닥 DNA에 결합할 수 있도록 합니다. 이 온도는 프라이머의 melting 온도에 따라 달라질 수 있습니다. 3. 연장(Extension): DNA.. 공감수 0 댓글수 0 2024. 1. 21.
  • A framework for individualized splice-switching oligonucleotide therapy 논문 리뷰 - Antisense Oligonucleotides (ASO) 우연히 보게 된 논문인데 희귀질환과 개인화된 치료법에 대한 논문이라 흥미롭게 보게 되어 리뷰를 남기고자 합니다. 2023년 7월 12일 Nature에 게재된 "A framework for individualized splice-switching oligonucleotide therapy"라는 논문입니다 (https://www.nature.com/articles/s41586-023-06277-0). 이 논문은 KAIST에서 진행한 연구인데요. 그럼 리뷰를 시작해보겠습니다. 먼저 이 연구의 주요 내용을 간략하게 말씀드리겠습니다. 이 연구는 유전 질환, 그 중 아타시아-텔랑기오타시아(ataxia-telangiectasia; A-T)를 대상으로 personalized oligonucleotide (ASO) 치료.. 공감수 1 댓글수 0 2024. 1. 21.
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